伴随着政府职能的扩展，政府收支活动的复杂性日益增强，对传统预算原则形成了挑战。政府收支未能全部纳入预算，以及纳入预算的政府收支并非都受到了同样严格的预算管理和监控，这两大问题长期存在于政府收支预算管理之中，成为了完善我国政府预算体系的桎梏。2003年10月党的十六届三中全会所通过的《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》中，提出了“实行全口径预算”，积极构建公共财政体制框架并致力于将所有政府收支纳入预算管理。旨在以规范政府收支为突破，进而重构政府预算体系。构建从涵盖所有政府收支项目的预算报表体系，到预算法律制度规范、预算会计体系、预算权配置、预算管理的范围、预算管理模式及预算报告体系等要素在内的系统工程。

近年来，为了进一步加强对各政府部门资金，尤其是预算外资金的管理，国务院及财政部推出了部门预算改革、政府收支分类改革、国库集中支付等一系列预算管理改革措施。全国及地方人民代表大会也推出了对政府收支加强立法监督和控制的多项改革措施。政府预算体系以“全口径预算”为突破口初具雏形。初步确立了以公共财政预算（政府一般预算）、政府性基金预算、国有资本经营预算和社会保障预算为主要内容的政府预算体系，形成了相对独立又统一的有机整体。

然而，脱胎于计划经济体制、行政主导的“全能型”政府，在逐步向“有限型”政府的过渡过程中，政府预算体系的完善还面临着许多难点。如何合理界定政府收支范围；如何合理匹配地方政府财力与事权；如何健全政府各部门监督和问责机制；如何对政府基于所有权产生的各种复杂而多样的政府收支行为进行有效预算控制等问题，依然严重制约着“全口径预算”的实现，掣肘了政府预算体系的完善。

构建完整政府预算体系的基本目标在于实现预算的完整性，取消局部利益，完整的多元政府预算体系是其它财政管理制度运行的基本平台。在完整的预算体系平台上，废除各级政府和部门的“自筹”制度，政府只能通过财政获得收入，并从事预算法案通过的活动，切断各个政府职能部门的行政、执法同其经费供给之间的直接联系，从而真正实现财政部门统揽政府收支，使其能够真正成为接受立法机构和社会公众的问责的主体。中国市场化的改革进程，已经逐步打破了原有财政运行格局。因此，要以“全口径预算”为契机，在政府一般预算、政府性基金预算、国有资本经营预算及社会保障预算之间形成统一和均衡，建立规范透明的资金往来渠道，必要时也可建立其他的特别预算或专门预算，从而稳步推进政府预算体系的构建和完善。